主要职责：贯彻执行国家关于卫生工作方面的方针、政策和法律、法规，抓好医院的建设，严格履行防病治病、提供蒙医诊疗服务、保护人民身心健康的职责；积极争取民族医药建设项目，为社会人群创造良好的蒙医、蒙药、蒙疗服务硬件；采取措施开发、推广、应用蒙医药技术成果，促进蒙医药科学技术发展；负责宣传全县蒙医保健知识，对患者进行健康教育活动；制定蒙医药科研计划和进修培训计划，组织专业技术人员的业务培训，指导全院职工抓好精神文明建设和廉政建设，做好全体干部职工的思想政治和医德医风教育工作；完成上级部门和有关单位交办的临时工作任务。
根据上述职责，博湖县蒙医院内设８个职能机构：
１、办公室
负责医院日常工作和综合协调工作；承办文秘、信息、工作人员档案等工作；负责全院网络、计算机管理工作；院领导交办的其它工作。
２、蒙医科（含针灸理疗科、药浴科）
开展蒙医诊疗业务工作；积极应用和推广蒙医药新技术、新方法，不断提高诊断水平；运用蒙医药理论和现代科学技术开展对常见病、多发病和疑难病的防治研究。
３、内儿科
开展内儿科常见病、多发病的诊疗护理和救治工作。
４、外妇科（含肛肠科）
开展外妇科各种常见疾病的治疗、护理和手术等工作。开展肛肠科常见疾病的治疗和手术等。
５、功能检查科
开展心电图、动态心电图、Ｂ超等各项检查。
６、医务科
负责全院医疗、预防保健工作；全院医疗技术人员、基层医务人员的业务培训和继续教育考核工作；组织院外医疗服务；医疗科研项目工作及进修、实习人员的考核鉴定；协调各业务科室之间的工作联系，组织重大手术和危重病人的院内外会诊、抢救；医疗事故、纠纷的调查处理；检查医疗业务工作的规章制度、医疗技术操作常规等的贯彻执行。
７、护理部
负责组织重大抢救和全院会诊；检查各项规章制度的执行情况；全院护理技术人员的业务培训和继续教育考核。负责医院感染危险因素的监测、调查、统计分析；医院医务人员的职业安全防护培训；医院医疗废弃物指导管理工作。
８、财务科
负责医院的财务收支、经济活动、会计核算、物价管理、内部审计、社会效益和经济效益；门诊、住院交费和出院结算、收费管理等，筹集各项资金，及时报账，控制支出，加强成本核算；做好会计档案管理，编制月、季、年会计报表和年终决算；对固定资产、流动资产、往来账款、银行账务、各种账表、现金及有价证券进行核算、管理。