博湖县成立后，按国务院、自治区、自治州的文件精神，博湖县接管博斯腾湖水产管理处和博斯腾湖管理委员会；将原属和硕县的跃进公社、光明公社及和硕县博斯腾湖管委会辖区、焉耆县五号渠公社下三号大队 3个生产队，以及州种畜场划为博湖县辖区，辖区内还有生产建设兵团农二师 25团场、 27团种马场、建筑工程第二团等单位。

全县辖 5乡 2镇， 29个村 (居 )民委员会， 119个村民小组。

1 、博湖镇： 下辖查斯布呼居委会、哈尔古比居委会、查斯托勒盖居委会、滚哈尔居委会。

2 、本布图镇： 下辖劳希浩诺尔村、再格森诺尔村、本布图村、新布呼村、芒南查干村、乔鲁图木呼尔村、那音托勒盖村。

3 、查干诺尔乡： 下辖查干诺尔村、乌腾郭勒村、敦都布呼村。

4 、才坎诺尔乡： 下辖才坎诺尔村、莫盖图村、哈尔努敦诺尔村、赛罕乌敦村、拉罕诺尔村。

5 、乌兰再格森乡： 下辖乌兰再格森村、席子木呼尔村、乌图阿热勒村。

6 、塔温觉肯乡： 塔温觉肯村、敖瓦特村、克日木哈尔村、东大罕村、哈尔恩格村、科克莫敦村。

7 、博斯腾湖乡： 下辖库代力克村。